Visoko oko 260 metara, uzdiže se surovo nad Kotorom brijeg Svetog Ivana, u narodu poznatiji kao Sanđovani (San Giovanni), ime mu potječe od istoimene crkvice koja se prvi put spominje 1440. godine. Sve do druge polovice XIX. stoljeća nalazila se u glavnoj gradskoj tvrđavi (kaštio) na samom vrhu brijega, te je bila posvećena sv. Ivanu Krstitelju i služila je za potrebe vojske koja je čuvala gradske zidine (Istorijski arhiv Kotor, S.A. V, str. 1001; Biskupski arhiv Kotor, Vol. XX, str. 361). Godine 1778. crkva sv. Ivana je u dobrom stanju, te se u njoj nalazi oltar od opeka (Spomenik, CXXVII, str. 146). Patronat nad ovom crkvom imali su kotorski rektori koji su birali kapelane, a biskup ih je potvrđivao. Godine 1497. spominje se kao kapelan svećenik Bazilije Drago – capellanus in castro Cathari (IAK, S.N. XXI, str. 139). Benediktinca o. Timoteja Cisillu, kojega je 8. siječnja 1612. godine kotorski rektor imenovao za kapelana, biskupov vikar nije htio potvrditi (BAK, Vol. XI, str. 449).
Na blagdan Rođenja sv. Ivana Krstitelja, 24. lipnja, u tvrđavi se održavao sajam te je uoči blagdana i na sam blagdan bio slobodan pristup građanima na tvrđavu (Gregorio Zarbarini, Prose, u rukopisu, str. 118). Godine 1542. na ovoj crkvi se spominje zvono kojega je skinuo providur Matteo Bembo (Giuseppe Gelcich, Memorie storiche sulle Bocche di Cattaro, str. 48). Za vrijeme mletačke vladavine kaštio sv. Ivana služio je kao tamnica za političke osuđenike. Tako je godine 1774. zbog političkih razloga na 20 godina bio osuđen o. Ivan Gagliardi član pustinjačkog reda sv. Augustina iz Brescie. Deset godina je proveo u tamnici a ostalih deset u kućnom pritvoru u samostanu sv. Klare (Glasnik narodnog univerziteta Boke Kotorske, godina II, br. 4-6). Godine 1779. u njoj je bio utamničen i umro Carlo Contarini, koji je u Veneciji bio veliki širitelj francuskih ideja i masonerije (BAK, Vol. VII, str. 524). Neko su vrijeme tu čamili i pobunjeni austrijski mornari pred svršetak I. Svjetskog rata. Dana 1. rujna 1790. godine kotorski je vanredni providur riješio službe kapelana kotorske franjevce iz samostana sv. Klare, te imenovao don Antona Gratisa, povjerivši mu i duhovnu brigu za zatvorenike u tvrđavi (IAK, Zadaća don Antona Miloševića, br. 49, str. 46). Ova je crkvica bila poznata i izvan Kotora. Godine 1711. neka Magdalena iz Kuta, ostavlja crkvi sv. Ivana ponad Kotora jedan srebrni dukat: pola za jednu misu a pola za svijeće (IAK, S.N. CXXXII, str. 734-735).
